偵查乃檢察機關調查人犯及搜集犯罪證據，以了解有無犯罪嫌疑，應否提起公訴之準備行為，其來源不限於民眾告訴、告發或自首，亦包括機關函送、新聞報導或檢察官自動檢舉等情形，如依偵查所得之證據，足認被告有犯罪嫌疑時，除認以緩起訴或職權處分(微罪或或於執行無實益之案件)為適當外，應提起公訴，反之，如認無犯罪嫌疑，或有刑事訴訟法第252條第1款至第9款即曾經判決確定、時效已完成、曾經大赦、犯罪後之法律已廢止其刑罰，以及告訴或請求乃論之罪，其告訴或請求已經撤回或已逾告訴期間，被告死亡、法院對於被告無審判權、行為不罰、法律應免除其刑所列情形，或同法第255條第1項其他法定理由，則應為不起訴處分。另屬無管轄權者，則簽請核轉有管轄權之檢察署偵辦。

另外司法實務上針對明顯無偵查實益案件如匿名告發且告發內容空泛，就已分案或結案之同一事實再重複告發、依陳述事實或告發內容顯與犯罪無關、陳述事實或告發內容係虛擬或經驗上不可能，對公務員依法執行公務不服而申告，但對構成刑責之要件嫌疑事實未有任何具體指摘，或提出相關事證或指出涉案事證所在，以及經常提出申告之人，所告案件均查非事實或已判決無罪或不起訴處分確定，復再申告，則依臺灣高等檢察署訂定之臺灣高等檢察署所屬各地方檢察署及其檢察分署辦理他案應行注意事項所定方式分他案辦理，並以行政簽結方式中止偵查。

偵查業務流程圖：