繳納保證金原因消滅後共有５種發還方式，流程說明如下：

1.通知發還：
(1)填製發還通知書
(2)會計室製作傳票
(3)出納室簽發支票
(4)會計室簽章
(5)檢察長核章
(6)單一窗口發還具領

2.口頭聲請發還：
(1)受話人通知承辦人
(2)填製發還通知書
(3)會計室製作傳票
(4)出納室簽發支票
(5)會計室簽章
(6)檢察長核章
(7)單一窗口發還具領

3.書面聲請發還：
(1)承辦人填製發還通知書
(2)會計室製作傳票
(3)出納室簽發支票
(4)會計室簽章
(5)檢察長核章
(6)單一窗口發還具領

4.電話聲請發還：
(1)受話人通知承辦人
(2)填製發還通知書
(3)會計室製作傳票
(4)出納室簽發支票
(5)會計室簽章
(6)檢察長核章
(7)單一窗口發還具領

5.線上聲請發還：
(1)收信人通知承辦人
(2)填製發還通知書
(3)會計室製作傳票
(4)出納室簽發支票
(5)會計室簽章
(6)檢察長核章
(7)單一窗口發還具領

下圖為刑事保證金單一窗口流程圖：